Het klooster ligt aan de oudste straat van het dorp en omvat twee gebouwen: de kloosterkerk en het Odulphushuis en het omliggende kloostererf. Het hoofdgebouw is de kloosterkerk, waarin de dagelijkse diensten en de Goddelijke Liturgie worden gevierd en herkenbaar aan de karakteristieke koepel met kruis boven de voorgevel. Van buiten is de kloosterkerk ook herkenbaar aan de rode kruizen op de vensters. Aan de straatzijde onder de koepel bevindt zich het oude pelgrimsverblijf en kloosterwinkel.
Kerkrechtelijk valt het klooster, evenals de parochies in Leeuwarden en Zwolle, die vanuit het klooster worden bediend, onder het Russisch Orthodoxe Patriarchaat van Moskou. In 1999 verkreeg de Stichting Orthodox Welzijn, eigenaar van de kloostergebouwen, de beschikking over het voormalige gereformeerde kerkgebouw in Hemelum. Tegen het einde van de 19e eeuw werd deze Gereformeerde Kerk gebouwd in de tuin van de toenmalige gereformeerde diaken, Arent Gosses Visser. In de kerkarchieven werd het stukje grond voor 150 gulden van genoemde diaken gekocht. Het archief spreekt aldus hierover: “de Heere beschikte een stukje land”. Dit kerkgebouw is uiteindelijk getransformeerd tot het huidige klooster, gewijd aan de H. Nicolaas van Myra. Sinds 2020 maakt ook de voormalige pastorie deel uit van de kloostergebouwen en staat nu bekend als het Odulphushuis. Ook worden er bij bijzondere gelegenheden in de kleine Kazanskaja-Odulphuskapel op de eerste verdieping van het Odulphushuis diensten gehouden. Deze kapel is met name in gebruik bij de pelgrims en niet toegankelijk voor bezoekers.
Bij het binnentreden van in onze kloosterkerk zullen u enkele dingen opvallen. Allereerst de portiekdeuren die voorzien zijn van glas-in-lood met de rode Griekse letters Alpha en Omega, verwijzend naar het Begin en het Einde, en de rode letters op de deuren naar de kloosterkerk die samen twee zgn. Christusmonogram vormen, de eerste twee letters van de naam Christus in het Grieks. Verder treft u in de hal de kloosterwinkel, waar kaarsen, iconen en literatuur en andere informatie kan worden verkregen. Voorts is er een kleine ontvangstkamer en zijn er toiletten voor de pelgrims en de bezoekers van onze diensten, maar ook ten behoeve van deelnemers aan rondleidingen. Op de eerste verdieping, de voormalige “kreake”, zijn twee gastenkamers, een badkamer en een kleine bibliotheek ingericht. Het balkon in het oude pelgrimsverblijf biedt uitzicht op het interieur van de kloosterkerk en is voorzien van spijltjes die teruggevonden werden in de oude diakenenbanken van de voormalige protestantse kerk.
Als u de hal verder doorloopt komt u in de eigenlijke kloosterkerk. Daar zal het u opvallen dat wij in de orthodoxe kerk geen preekstoel en Avondmaalstafel hebben, maar op die plaats een iconenwand. Deze iconenwand scheidt de plaats waar de gelovigen zich bevinden van het heiligste deel van de kloosterkerk, de Altaarruimte. Dit is de plaats van waar alle sacramenten (in de orthodoxe kerk spreken wij liever van Heilige Mysteriën) tot ons komen. Ook zal het u niet ontgaan dat wij in het schip geen banken hebben. Uit eerbied staan we tijdens de diensten, maar voor vermoeiden is er altijd gelegenheid om even op de zijbanken te rusten. Een deel van de banken die u in onze kloosterkerk ziet komen van de voormalige “kreake”. De overige banken zijn ons door een orthodoxe parochiekerk geschonken.
De iconenwand of iconostas is speciaal voor het klooster gemaakt in 2005 in verschillende ateliers in Belgrado ( Servië). Het houtsnijwerk is gestileerd naar het werk van de middeleeuwse zgn. Moravski-skola uit de kerken en kloosters van Midden- en Zuid-Servië. De iconenwand beeldt de scheiding uit die is ontstaan tussen God en de mens na de zondeval van Adam en Eva in het Paradijs. Daarom zien we opvallend veel natuurmotieven, zoals vogels, vissen en gebladerte. In de iconenwand vinden we de belangrijkste iconen van het klooster. De belangrijkste iconen van het klooster hangen in de iconenwand. Daar treft u aan de rechterzijde naast de zgn. Koninklijke Deuren een unieke orthodoxe Christus-icoon (1999) met een Friese tekst (Joh.13:34). Links hangt zoals gebruikelijk in een orthodoxe kerk een Moeder Godsicoon. In onze kerk is dat de H. Moeder Gods van Kazan (1999), die door een bijzondere voorspraak voor het klooster in de iconostas is geplaatst . Midden in de kerk ligt op een soort lessenaar (analoi) een icoon van de klooster- of kerkpatroon. In ons geval de icoon van de H. Nicolaas van Myra, de Wonderdoener. Deze iconenlessenaar is door Poolse orthodoxe jongeren in 1999 vervaardigd uit het hout van de voormalige preekstoel van de Gereformeerde kerk.
Achter de iconenwand (niet toegankelijk voor publiek) bevindt zich het Altaar. Aan het altaar dient de priester en wordt de Goddelijke Liturgie en andere diensten gevierd (o.m. Vesper, Metten, Akathist en Uren). In het altaar rusten de relieken van de HH. Monnik-martelaren van het H. Georgi van Choseva-klooster, die in de omgeving van Jericho (Palestina) in de 5e eeuw zijn omgebracht. Deze relieken zijn tijdens de kloosterwijding op 20 februari 2001 door onze toenmalige aartsbisschop Simon in het altaar aangebracht. Ook is ons klooster in het bezit van een reliek van de HH. Gezellen van de H. Bonifatius die samen met hem bij Dokkum in 754 werden omgebracht. Voorts bezit het klooster nog een reliek van de H. Gregorius, abt van Utrecht uit de 8e eeuw. Hij was een van de bekendste leerlingen van de eerder genoemde H. Bonifatius. De H. Gregorius was zelf weer de leermeester van de H. Liudger, die in het noorden van ons land een belangrijke rol in de vroege kerstening heeft gespeeld. De reliekenschat van het klooster is in de loop van de jaren uitgebreid met o.m. een reliek van de H. Apostel Andreas, de Eerstgeroepene; de H. Nicolaas van Myra de Wonderdoener; de H. Willibrord, Apostel van de Friezen en eerste bisschop van Utrecht; de H. Bisschop-martelaar Bonifatius van Dokkum, de H. Frederik, bisschop-martelaar van Utrecht en de H. Odulphus van Stavoren. Deze H. Relieken worden op de feestdagen van de heilige uitgestald in het midden van de kerk ter verering door de gelovigen.
Naast de kloosterkerk bevindt zich het Odulphushuis, vernoemd naar de H. Odulphus (een lokale heilige uit de periode van de ongedeelde christelijke kerk van voor 1054; zie verder). Het Odulphushuis is gevestigd in de voormalige pastorie (1928) van de gereformeerde kerk en vervult een belangrijke functie in het klooster- en parochieleven van de orthodoxe gemeenschap in Noord-Nederland. Het biedt onderdak aan monniken. Daarnaast vinden er ook samenkomsten plaats van de parochiegemeenschap (na de diensten, bedevaart en doopplechtigheden etc.). Het biedt overnachtingsmogelijkheden voor pelgrims. Ook vinden er ook bijeenkomsten plaats voor catechisatie of lezingen in vastenperiodes, maar ook bijvoorbeeld maakt de Bratsvo (een organisatie t.b.v. orthodoxe jongemannen uit Nederland en Vlaanderen) er gebruik van. In het Odulphushuis is het oorspronkelijke interieur uit begin 20e eeuw bewaard gebleven, waaronder enkele gezandstraalde portiekglaswanden in art-nouveau stijl.